Nach einem umfassenden Neuorganisationsprozess trat am 1. Januar 1998 die neue Gemeindeverfassung und die Organisationsverordnung in Kraft. Der siebenköpfige Gemeinderat ist als Führungsorgan der Gemeinde gestärkt und die einzelnen Ratsmitglieder führen eigenverantwortlich ein Departement. Die Organisationsbestimmungen (Organisationsverordnung) liegen in der Kompetenz des Gemeinderates und nicht mehr bei der Gemeindeversammlung. Dadurch kann rasch auf sich ändernde Verhältnisse reagiert werden.
Seit 1. Januar 1998 ist auch ein neuzeitliches Personalrecht in Kraft. Ein eigenes, für eine Verwaltung erstmaliges und privatwirtschaftlich ausgerichtetes Lohnsystem wurde entwickelt und eingeführt. Wohlen verfügt heute über eine der modernsten Gemeindeorganisationen.